黃秋生與太太吳惠貞結婚28年，育有兩子，夫妻二人以「各有各住」這種特別方式來維繫婚姻，以盡量減少拗撬；直至今年9月，秋生決定跟太太一同居住。對於有報道指他們政見不同，同一屋簷下如何相處？秋生接受《明報》電話訪問時表示，太太沒有政治理念，何來政見不同，但承認彼此價值觀確有不同，「無所謂的，正如宗教不同一樣，她有她念經，我有我祈禱，沒有影響，不是同一價值觀才可以做到夫妻、家人和朋友，如果這樣，世界就只得我一個人，水清則無魚，除非對方殺人放火，要不然有什麼大不了，又不是活在中世紀，不同信仰的人就是仇人，現在是文明社會，價值觀不同而已，不需要打仗。見到很多人因為價值觀不同而反面，好可惜」。秋生坦言夫妻間遇上價值觀不同時會避談，「我又不是特首，又不是代表什麼政黨，我做不到些什麼，拗來幹什麼，又不是辯論大會」。
秋生表示跟太太相處融洽，沒有鬧交，「年輕時睇紫微斗數已一早知道自己的婚姻是這樣，夫妻宮指我們後生夾不到，我們一向無嘢，只是太太性格火爆少許，所以最好聚少離多，減少摩擦機會，年紀大了就可以一齊生活，因為性格和環境都不同了，兩個仔亦已長大，又不在港生活，不會再為小朋友的問題鬧交，現在相處得幾好、幾和諧，我每天都去街市買菜煮飯給她吃。」秋生亦否認與太太分居10多年，「分居10幾年可以離婚了，其實我會定時返家，只不過不是長時間逗留。（28年婚姻有否出現過危機，差點離婚收場？）有試過，我咁百厭。（花心？）不是。」
